有中国科研人员研究发现称：华南海鲜市场并非新冠病毒发源地

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根据中国科学院西双版纳热带植物园的官方网站，该园与华南农业大学和北京大脑中心合作，收集了93个新的冠状病毒样本的基因组数据(截至2月12日)，涵盖了四大洲的12个国家，这些数据在全球共享于gisaid epiflutm数据库。通过对全基因组数据的分析，发现武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方引进的。

以下是全文:

2019年12月，由新型冠状病毒(现称covid-19)引起的肺炎在湖北武汉爆发。新型冠状病毒爆发已经两个多月了。确定华南海鲜市场是否是唯一的发源地，寻找病毒的来源，确定中间宿主，控制疫情，避免疫情复发具有重要意义。中国科学院西双版纳热带植物园与华南农业大学和北京大脑中心的研究人员一起，收集了来自世界各地、覆盖四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本(截至2月12日)的基因组数据，并通过全基因组数据分析追踪了感染源和传播途径。我们发现，收到的93个样本包含58个单倍型，可分为5个组(图1)，包括3个旧的超级通信者单倍型(h1、h3和h13)和2个新的超级通信者单倍型(h56和MV2)。华南海鲜市场的新型冠状病毒是从外地传入的，在市场上传播迅速，并在市场外传播；同时，传播病例至少来自三个途径。在2月12日前(分别为12月8日和1月6日)，新型冠状病毒出现了两次明显的种群扩张。

华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方引进的

基于120个突变位点，获得了58个单倍型(基因类型)。单体型进化表明，单体型h13和h38是相对“老”的单体型，它们通过中间载体(mv1，可能是祖先单体型，可能来自中间宿主或“病人零”)与蝙蝠冠状病毒ratg13相关，单体型h1来自单体型h3。与华南海鲜市场相关的患者的单倍型为h1及其衍生的单倍型h2、h8-h12(图1，A)，而武汉样本的单倍型h3与华南海鲜市场无关。可以看出，这种新型冠状病毒在华南海鲜市场是从外地进口的，并在市场上迅速传播和传播出去。此外，根据患者发病时间的记录和人口膨胀时间的推断，也证实了华南海鲜市场不是病毒的发源地的推断。

追踪“旧”单倍型h13和h38的病毒样本，我们发现它们是来自深圳的患者(广东的第一个病例)和来自华盛顿州的患者(美国的第一个病例)。他们的旅行记录显示，从2019年12月底到2020年1月初，他们都是在武汉探亲期间被感染的。现有武汉样本中未检测到H13和h38单倍型，可能是因为现有样本主要采集自多家定点医院，样本采集时间限制在2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武汉其他医院的早期患者中检测到这两种单倍型，将对发现病毒的来源非常有帮助。

2月12日前，新型冠状病毒出现了两次明显的种群扩张

根据新型冠状病毒的基因组数据，1月前的种群扩张时间为12月8日，这表明该病毒可能在12月初甚至11月下旬开始人际传播，然后在华南海鲜市场加速人际传播(图2)。据估计，2月前的人口膨胀时间是1月6日，这可能与元旦假期有关。需要指出的是，国家疾病预防控制中心在这一天发布了二级应急响应。当时，预警起到了警示作用，公共活动和出行减少了。如果当时的警告能够引起公众更多的关注，那么在1月中下旬传播到全国乃至全世界的病例数将会减少。研究人员进一步证实，其他9个省和11个国家的感染病例基本上是直接或间接从武汉输入的。

传播病例至少来自三个方面

为了能够细分来源，研究人员将58个单倍型分为五组(图1)，并采用了三个中心(旧的超级通信者)单倍型(h1、h3和h13)和两个新的超级通信者单倍型(h56和mv2)。基于此，可以确定广东可能有三种病毒来源，重庆和台湾可能有两种病毒来源。其中，广东省深圳市的一个家庭在早期就把它在人与人之间传播开来。澳大利亚、法国、日本和美国有更多的样本，他们的病人至少有两个感染源，尤其是美国，其中包括五个感染源。值得注意的是h56，一种超级传播单倍型，它是澳大利亚、法国、美国和台湾患者的传染源。因为其他国家的样本很少，所以大部分样本来自单一来源。除了从武汉输入或在武汉被感染外，其中一些可能在广东和新加坡被感染。

在新的冠状病毒基因组中没有重组事件

研究人员发现在新的冠状病毒基因组中没有重组事件，在93个基因组中有120个核苷酸发生了突变(0.41%的序列长度)，它们均匀分布在10个编码区(χ2=1.958，df=9，p=0.99)。119个氨基酸密码子与120个突变核苷酸相关，其中79个密码子(65.83%)改变了氨基酸类型，42个氨基酸(53.17%)改变了它们的物理化学性质(图3)。尚不清楚这些氨基酸类型和理化性质是否会影响新型冠状病毒的活性，这需要由其他蛋白质组学和结构生物学专业人员进行验证。本研究由版纳植物园综合保护中心生物多样性研究小组的研究人员利用他们在系统和进化领域的专业知识进行。本研究提到，单倍型进化关系分析方法可以与流行病学研究相结合，为寻找传染源和传播扩散的准确方向提供非常重要的信息。

相关研究成果已提交给chinaxiv/abs/202002.00033，可供疾病预防控制相关部门参考，并接受了专家学者的交流和讨论。

来源：新浪直播网